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Prima dell’arrivo dei Portoghesi (avvenuto fra il 1469 e il 1471), le isole di Annobon, São Tomé e Príncipe erano disabitate. La scoperta delle isole è avvenuta da parte dei portoghesi João de Santarém e Pêro de Escobar tra il 1470 e il 1471^[4]. Cambiò il suo nome in isola del Principe nel 1502 in riferimento al Principe del Portogallo al quale venivano pagate le commesse per il commercio dello zucchero locale (rimane dedicata al santo il capoluogo dell’isola, come succede peraltro a São Tomé col capoluogo intitolato a San Tommaso). Scopritore delle isole fu Pedro Escobar, noto anche come Pedro de Escobar, un famoso navigatore portoghese del XV secolo, al servizio del re Alfonso V del Portogallo.

I Portoghesi decisero che le isole rappresentavano una base ideale per il commercio della costa, e completarono il primo insediamento stabile a São Tomé nel 1493. Principale artefice della colonizzazione fu Álvaro Caminha, che in seguito ricevette dalla Corona il diritto di amministrare le isole. Nel 1500 fu creato un insediamento anche a Príncipe. Inizialmente le isole non apparvero particolarmente ricche di risorse, e i primi coloni furono soprattutto “indesiderabili” di cui il Portogallo voleva disfarsi (soprattutto Ebrei); in seguito, tuttavia, si scoprì che il terreno vulcanico delle isole era perfetto per l’agricoltura, e in particolar modo per la coltivazione della canna da zucchero.

Per alimentare di manodopera le coltivazioni, i Portoghesi iniziarono a far affluire sulle isole grandi quantità di schiavi africani. A metà del XVI secolo la colonia figurava fra i primi esportatori di zucchero dell’Africa. La corona portoghese, a quel punto, decise di reclamare il proprio diritto di proprietà sulle isole (nel 1522 per São Tomé e nel 1573 per Príncipe).

La ricchezza delle isole iniziò a declinare con la concorrenza delle nuove colonie delle Americhe e in seguito alla crescente difficoltà nel controllo della vasta popolazione di schiavi. In circa un secolo, la coltivazione dello zucchero declinò fino a diventare marginale nell’economia dell’arcipelago, che venne a essere soprattutto un luogo di transito nel commercio degli schiavi dall’Africa al Nuovo Mondo.

Nel XIX secolo vennero introdotte due nuove coltivazioni: caffè e cacao, nuovamente con grande successo, tanto che all’inizio del secolo successivo São Tomé era diventata il principale esportatore di cacao del mondo. Sebbene il Portogallo avesse abolito la schiavitù nel 1876, nelle piantagioni di São Tomé (dette roças) i proprietari terrieri avevano un’autorità praticamente assoluta nei confronti dei braccianti e delle loro famiglie, e viveva un regime di “lavoro forzato retribuito”. Questa situazione (in cui erano coinvolti anche lavoratori angolani) portò a una crescente tensione sociale, sfociata negli scioperi del 1953, in cui molte centinaia di lavoratori africani furono uccisi (massacro di Batepá).

Verso la fine degli anni cinquanta un piccolo gruppo di abitanti di São Tomé formò il Movimento per la Liberazione di São Tomé e Príncipe (MLSTP), che aveva la propria base nel vicino Gabon.

Il processo verso l’indipendenza fu favorito dalla caduta della dittatura di Marcelo Caetano in Portogallo, nell’aprile del 1974. I rappresentanti del nuovo governo portoghese incontrarono l’MLSTP ad Algeri e stipularono un accordo per l’indipendenza dell’arcipelago, ufficializzata il 12 luglio 1975. Come primo presidente fu eletto il segretario dell’MLSTP, Manuel Pinto da Costa. Nel 1990, São Tomé abbracciò una riforma democratica che portò l’anno successivo a elezioni multipartitiche, libere e trasparenti. Fu eletto presidente Miguel Trovoada, rieletto in seguito anche nel 1996. Il Partito della Convergenza Democratica (PCD) superò l’MLSTP, che tuttavia riuscì a mantenere un ruolo di primo piano nella vita politica del paese. Nuove elezioni democratiche (presidenziali e parlamentari) si tennero nel 2001 e nel 2002.

Nel luglio del 2003 l’esercito prese il potere per una settimana, protestando per la corruzione politica e la conseguente iniquità nella distribuzione dei proventi dell’estrazione petrolifera, divenuta nel frattempo una delle voci importanti dell’economia dell’arcipelago. Dopo un periodo di trattativa, il presidente Fradique de Menezes, già esautorato dal colpo di Stato, fu rimesso in carica. Menezes vinse nuovamente le elezioni nel 2006, ed è tuttora al governo del paese.

Secondo fonti governative il 12 febbraio 2009, c’è stato un secondo tentativo di colpo di Stato per rovesciare il Presidente Fradique de Menezes; evidentemente non riuscito. Le ultime elezioni nel 2011 hanno visto la vittoria del primo Presidente, Manuel Pinto da Costa, che torna alla presidenza del paese dopo 20 anni.